Μετά τη διαίρεση της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας το 395 μ.Χ. η Κέρκυρα περνάει στη δικαιοδοσία του Ανατολικού Ρωμαϊκού Κράτους και μεταγενέστερα της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας. Το νησί γνωρίζει μεγάλη παρακμή τους αιώνες που ακολουθούν μέχρι και τον 11ο αιώνα οι επαναλαμβανόμενες επιδρομές Ούννων, Γότθων, Αράβων και Βάνδαλων. Σε μια από αυτές, ο βασιλιάς των Ερούλων Γότθων Τοτίλα καταστρέφει ολοσχερώς την Παλαιόπολη (Χερσούπολη), με τους κατοίκους της να βρίσκουν καταφύγιο σε μια φυσικά οχυρή θέση, λίγο βορειότερα. Το σημείο αυτό είναι σήμερα γνωστό ως Παλαιό Φρούριο και αποτέλεσε την έμπνευση για την μεσαιωνική ονομασία του νησιού, Κορυφώ εξαιτίας των δύο χαρακτηριστικών κορυφών του.
Τα χρόνια που ακολούθησαν, η Κέρκυρα γνώρισε μερική ασφάλεια, μέχρι και το 1081 οπότε οι Νορμανδοί του Ροβέρτου Γισκάρδου μάχονται με τη Βυζαντινή Αυτοκρατορία για το νησί. Μετά από αλλεπάλληλες κατακτήσεις και συγκρούσεις, η Κέρκυρα περνάει στην κυριαρχία των Ανδυγαυών για λίγο περισσότερο από 100 χρόνια. Οι Ανδηγαυοί δεν φαίνεται να άφησαν το αποτύπωμά τους στο νησί, αν και οι προσπάθειές του για προσηλυτισμό στην καθολική εκκλησία ήταν μεγάλες.
Σιγά, σιγά, ξεκινάει ένα από τα μεγαλύτερα κεφάλαια της ιστορίας της Κέρκυρας. Αυτό, δεν θα μπορούσε να είναι άλλο από την Ενετοκρατία. Πιο συγκεκριμένα, κατά τα τέλη του 14ου αιώνα, η Κέρκυρα παραχωρείται στους Ενετούς και ξεκινάει μια περίοδος κατοχής που θα διαρκέσει 411 χρόνια, 11 μήνες και 11 ημέρες. Η Ενετοκρατία σηματοδότησε μια εξαιρετικά σημαντική για την ιστορία του νησιού, εποχή κατά την οποία η Κέρκυρα γνώρισε μεγάλες μεταρρυθμίσεις και εκτεταμένες περιόδους ειρήνης και ευημερίας. Αυτό φαίνεται τόσο στην ίδια την πόλη και την ευρύτερη περιοχή του νησιού, όσο και σε τομείς όπως είναι η διοίκηση, η οικονομία, η εκπαίδευση, ακόμη και η εκκλησία.
Μια από τις σημαντικότερες παρακαταθήκες της ενετοκρατίας στο νησί, υπήρξαν οι οχυρώσεις. Το Παλαιό Φρούριο εκσυγχρονίστηκε στις σύγχρονες ανάγκες της αμυντικής λογικής, κατασκευάστηκε το Νέο Φρούριο στον λόφο του Αγίου Μάρκου, ενώ οχυρώθηκε και η πόλη με πλήθος προμαχωνικών και άλλων αμυντικών κατασκευών. Τα γνωστά σημερινά μνημεία της παλιάς πόλης ανανεώνονταν συνεχώς, μιας και οι συχνές επιθέσεις ιδιαίτερα από τους Τούρκους, συνιστούσαν ιδιαίτερη προσοχή. Ιδιαίτερα μετά το τέλος της τελευταίας τουρκικής πολιορκίας, η πόλη θα οχυρωθεί σε τέτοιο βαθμό, ώστε να αποτελεί ένα από τα ισχυρότερα και δυσκολοκατάβλητα φρούρια ολόκληρης της Ευρώπης. Σημαντική ήταν η συμβολή των Ενετών και στον τομέα των καλλιεργειών.
Μετά την τουρκική πολιορκία του 1537 οπότε και ξηλώθηκε ένα μεγάλο μέρος του κερκυραϊκού αμπελώνα, οι Ενετοί επένδυσαν στην εκτεταμένη καλλιέργεια της ελιάς, δημιουργώντας έτσι, χωρίς να το γνωρίζουν, μια μοναδική κατάσταση για την οποία το νησί θα είναι γνωστό μέχρι και σήμερα. Κατά τη διάρκεια τη ενετοκρατίας εδραιώνεται και η παρουσία του Αγίου Σπυρίδωνα, ως προστάτη και πολιούχου του νησιού. Δεν είναι λίγες οι περιπτώσεις όπου χρειάστηκε η θαυματουργική παρεμβολή του, τόσο σε καιρούς αναταραχών, όσο και σε περιπτώσεις λιμών και ασθενειών που μάστιζαν το νησί. Μάλιστα το συγκεκριμένο γεγονός είναι ιδιαίτερα σημαντικό, καθώς ερχόταν άμεσα σε αντιδιαστολή με τις προσπάθειες τη καθολικής εκκλησίας για μετατροπή του πληθυσμού σε καθολικούς.
Η ενετοκρατία χαρακτήρισε και σημάδεψε την ιστορία της Κέρκυρας για πάντα. Η αρχιτεκτονική της παλιάς πόλης και των χωριών επηρεάστηκε άμεσα από αυτή της Βενετίας στοιχείο που έδωσε την ξεχωριστή και αρχοντική ομορφιά στο νησί. Στο διάστημα των 411 αυτών ετών, δεν θα μπορούσαν παρά να επηρεαστούν και χαρακτηριστικά των ίδιων των κατοίκων. Το σημαντικότερο παράδειγμα είναι η γλώσσα. Η διάλεκτος των Ενετών και τα ελληνικά των απλών πολιτών έδωσαν τη βάση για ένα μοναδικό ιδίωμα το οποίο επιβιώνει μέχρι και σήμερα, εμπλουτισμένο με λέξεις και φράσεις προερχόμενες από τα ιταλικά.
Η μεσαιωνική περίοδος και πιο συγκεκριμένα η ενετοκρατία, αποτέλεσε την διάδοση της Κέρκυρας σε ολόκληρη την Ευρώπη ως τόπο με ιδιαίτερη γεωγραφική σημασία, μοναδικά χαρακτηριστικά και πλούσια ιστορία, δίνοντας τις βάσεις για το μέλλον του νησιού.
